Molt a prop del monestir de Sant Pere de Rodes, sobre un pujol en plena serralada de la Verdera, i amb excel·lents vistes a la badia del Port de la Selva, es troba, solitari, aquest gran exponent de l’art preromànic català.
Tot i que tradicionalment s’ha donat com a data inicial d’aquesta antiga església el segle X, unes excavacions efectuades l’any 2007 ha revelat l’existència d’un cementiri entre els segles VIII i IX.
L’església ha sofert al llarg dels segles un important nombre de modificacions. Originalment, als segles IX-X, estava formada per una única nau. Posteriorment foren afegides les naus laterals, a l’igual que el característic campanar sobre la façana.
L’església de Santa Helena de Rodes també és coneguda pel seu nombre original, Santa Creu de Rodes, degut a la petita localitat en què es trobava. Encara avui és possible veure les restes, en forma d’arcs i murs de cases, d’aquell antic nucli històric que fou abandonat durant l’Edat Mitjana, sembla ser que per fundar el barri de la Santa Creu, a Mallorca, tot i que quedà molt delmat demogràficament arran de la pesta negra del 1345. En qualsevol cas l’església perd la seva condició parroquial el 1572, fet que dóna compte del nivell de despoblació que devia tenir el llogarret ja en aquella època. El 1880 fou definitivament clausurat.
L’església que, a l’igual que el veí Monestir de Sant Pere de Rodes, ha estat objecte d’expoli en diverses ocasions es troba actualment en estat de restauració. Avui és un racó d’espiritualitat per al viatger amb unes impressionants vistes al mar, al monestir veí i a l’imponent Castell de Sant Salvador, un excel·lent mirador de tota la comarca.